Afin d'assumer son rôle aussi concrètement que possible et de rester proche du citoyen, le Comité directeur de la Fondation Euregio Meuse-Rhin a constitué quatre Commissions communes avec le Conseil eurégional.
La présidence des Commissions est assurée par un membre du Comité directeur, et chacune des Chambres propose un vice-président. Le Comité directeur envoie 11 représentants de la Fondation Euregio Meuse-Rhin, les première et deuxième Chambres envoient respectivement 11 et 7 représentants.
Le suivi administratif de chaque Commission est assuré par un membre du Bureau EMR à Maastricht.
Comme les membres du Conseil eurégional sont directement impliqués dans les Commissions ils sont, depuis la réforme structurelle de 2000, mieux intégrés dans le travail eurégional.
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